Bugenhagen hat dir doch(wo er noch lebte) seine Maschine gezeigt, wo man den Weltraum und so sieht und er über die Lebensenergie des Planeten erzählt. Du musst einfach in den Raum wo die Maschine ist reingehen und sie aktivieren. Cloud hinterlässt dann automatisch die grossen Subtanzen, du musst einfach nur die grosse blaue Subtanz untersuchen, und schon kriegste Bahamut Zero.
Was die Limits angeht, einfach die Ebene auswählen(wo dir ein Limit noch fehlt) und solange Kämpfen exp sammeln bis du den Limit bekommst.